Sistemas de Informação
speciesLink é uma rede colaborativa, que conta com a participação de centenas de coleções biológicas do país e do exterior, cujo objetivo principal é dar acesso a qualquer interessado aos dados dos acervos mantidos pelas coleções, além de dados de observação. O sistema de informação foi desenvolvido e é mantido pelo CRIA e permite, além do acesso aos registros, uma série de análises através da produção de mapas, gráficos e relatórios dinamicamente. Imagens em alta resolução estão sendo incorporadas aos dados permitindo a visualização do espécime e comparação entre exemplares depositados em diferentes coleções. Uma série de ferramentas estão disponíveis com o objetivo de auxiliar as coleções na análise e melhoria da qualidade dos dados uma vez que a guarda e controle dos dados disponibilizados é de total responsabilidade de cada coleção.
O INCT Virtual da Flora e dos Fungos tem como missão prover à sociedade em geral, ao poder público e comunidade científica em especial, infra-estrutura de dados de qualidade de acesso público e aberto integrando as informações dos acervos dos herbários do país e repatriando dados sobre coletas realizadas em solo brasileiro, depositadas em acervos no exterior. O sistema de informação utilizado para o acesso aos dados é o mesmo desenvolvido para o speciesLink e, portanto, se beneficia de todas as ferramentas e funcionalidades já existentes.
Produtos específicos
é um produto do projeto "Ampliação, Integração e Disseminação Digital de Dados Repatriados da Flora Brasileira" coordenado pelo Herbário Virtual da Flora e dos Fungos (INCT-HVFF) e desenvolvido como parte do Programa Reflora do CNPq. O sistema integra um serviço de imagens de alta resolução com as informações textuais da rede speciesLink, de modo que cada espécime pode ter imagens associadas, seja da exsicata depositada no herbário ou de fotos em campo, enquanto ainda vivo, dentre outras possibilidades. Disponibiliza ainda um serviço web para os herbários nacionais usarem as imagens como preferirem. Outras iniciativas, como a Lista de Espécies da Flora do Brasil, também se beneficiam do serviço possibilitando a associação de imagens de vouchers aos nomes publicados.
Biogeografia da Flora e Fungos do Brasil. O objetivo principal do projeto é expandir o conhecimento sobre a biogeografia de cada espécie da Flora do Brasil através de dados de ocorrência disponíveis em herbários, participação ativa de especialistas, e uso de técnicas de modelagem de nicho ecológico.
Lacunas de conhecimento da flora e dos fungos do Brasil. O objetivo desse sistema é facilitar a identificação de lacunas de informação taxonômica e de distribuição geográfica sobre a flora do Brasil por especialistas. Os relatórios gerados pelo sistema Lacunas utilizam como base informacional a Lista de Espécies da Flora do Brasil (hoje Flora do Brasil 2020) e os dados dos acervos disponibilizados no Herbário Virtual da Flora e dos Fungos, que por sua vez tem como base de informações a rede speciesLink.
Augusto Chaves Batista. O sistema dedicado ao Professor Augusto Chaves Batista vem fazer uma justa homenagem àquele que, no século XX, mais incrementou e divulgou os estudos micológicos no Brasil. Visa a divulgação online dos trabalhos do Professor Batista, a maioria divulgada na série Publicações do IMUR (Instituto de Micologia, Universidade do Recife, atual departamento de Micologia da Universidade Federal de Pernambuco) a todos os interessados.
O Herbário Virtual A. de Saint-Hilaire tem por objetivo disponibilizar para botânicos e historiadores a coleção botânica de Auguste de Saint-Hilaire, incluindo as plantas do Brasil coletadas durante suas viagens de exploração de 1816 a 1822. O site é constituído pela correspondência entre o material bibliográfico, notas de campo, mapas, ilustrações e imagens em alta resolução dos espécimens depositados no herbário do Muséum National d'Histoire Naturelle de Paris e Clermont-Ferrand, França. O sistema é fruto da parceria entre os museus da França, o Instituto de Botânica de São Paulo, IBt e o CRIA.
Herbário Virtual Auguste Glaziou. Auguste François Marie Glaziou (1828 - 1906) chegou ao Brasil em 1858 onde permaneceu até 1893. Coletou espécimes botânicos nas matas e restingas do Rio de Janeiro, em São Paulo, Minas Gerais, Espírito Santo e Goiás. Realizou trabalhos de campo na Serra do Mar, na Serra dos Órgãos, na altura do alto Macaé, em Nova Friburgo e no Pico do Itatiaia. Integrou a Comissão Exploratória do Planalto Central do Brasil, no final do século XIX (1861-1895), que avaliou a localização de uma nova capital no Brasil central, hoje Brasília. Nesta região coletou inúmeros táxons de diferentes famílias botânicas do cerrado. O site apresenta material bibliográfico e imagens em alta resolução dos espécimes coletados por Glaziou e que fazem parte dos acervos dos herbários do Museu Nacional/UFRJ, Rio de Janeiro, Brasil e do Muséum National d'Histoire Naturelle de Paris, França.
O Sistema de Informação de Coleções de Interesse Biotecnológico, SICol, é fruto do Programa Nacional de Biotecnologia e Recursos Genéticos do Ministério da Ciência e Tecnologia e tem por objetivo, além de disseminar informações sobre os Centros de Recursos Biológicos do Brasil, servir de elemento integrador às diversas e diferenciadas coleções de interesse biotecnológico. O sistema de informação utilizado para o acesso aos dados é o mesmo desenvolvido para o speciesLink e, portanto, se beneficia de todas as ferramentas e funcionalidades já existentes.
Flora brasiliensis online é um sistema de informação que disponibiliza online a magnífica obra produzida entre 1840 e 1906 pelos editores Carl Friedrich Philipp von Martius, August Wilhelm Eichler e Ignatz Urban, com a participação de 65 especialistas de vários países, de forma livre e aberta a qualquer interessado. Contém tratamentos taxonômicos de 22.767 espécies, a maioria de angiospermas brasileiras, reunidos em 15 volumes, divididos em 40 partes, com um total de 10.367 páginas de textos e quase 4000 imagens em alta resolução. O sistema é fruto da parceria entre a Universidade de Campinas, Unicamp, o Jardim Botânico de Missouri e o CRIA.
Catálogo de Abelhas Moure é o produto do resgate (e atualização) do trabalho do Padre Jesus Santiago Moure com as espécies de abelhas neotropicais pela Universidade Federal do Paraná em parceria com o CRIA, responsável pelo sistema de informação.
A parceria CRIA - A.B.E.L.H.A. apresenta os seguintes produtos:

Sistema de Informação Científica sobre Abelhas Neotropicais, uma plataforma de pesquisa que tem por objetivo facilitar o acesso à informação científica disponível em diferentes sistemas on-line. A informação é apresentada em uma página única e permite ao usuário o acesso direto à sua fonte primária.

Sistema de Informação sobre Interações Abelhas - Plantas no Brasil. O sistema tem por objetivo facilitar o acesso à informação sobre interações abelhas-plantas no Brasil. A compreensão do funcionamento e da estruturação das comunidades de abelhas e sua associação com habitats particulares é especialmente útil para a identificação da vulnerabilidade destes organismos a mudanças na paisagem e fundamental para avaliar o potencial das diferentes espécies de abelhas para uso sustentado na agricultura.

Fototeca Cristiano Menezes. O acervo da coleção FCM tem por objetivo tornar público o conhecimento sobre aspectos comportamentais, biologia e manejo destes insetos, facilitando a busca de informações e incentivando o uso destes dados para difusão do tema no ensino e na pesquisa.

Bioline International é um serviço de publicação eletrônica sem fins lucrativos, comprometido em prover o acesso a publicações de qualidade de países em desenvolvimento. É gerenciado por cientistas e bibliotecários num trabalho cooperativo entre as Bibliotecas da Universidade de Toronto, Canadá, que faz o gerenciamento; o Centro de Referência em Informação Ambiental, CRIA, Brasil, responsável pelo armazenamento e gerenciamento dos bancos de dados; e o Bioline/UK.
Check List dedica-se a publicar listas de espécies, mapas de distribuição geográfica e notas sobre a distribuição geográfica de quaisquer táxons. Esse tipo de estudo tem sido negligenciado por ser considerado "muito básico" or "não tendo uma aplicação relevante". No entanto, esforços para preservar os remanescentes naturais de espécies são fundamentais para a perpetuação da vida como ela tem evoluído. O primeiro passo para se conseguir isso é manter o registro da distribuição das espécies. Portanto, a Check List foi criada para preencher essa lacuna através da publicação de artigos relacionados a tão importantes inventários.
OpenModeller é um ambiente computacional multi-plataforma voltado para modelagem de nicho ecológico. Capaz de trabalhar com diversos algoritmos, o openModeller pode ser usado através de interfaces de programação, incluindo C++, SOAP e Python, bem como através de interfaces gráficas amigáveis.
Projetos Concluídos
A Open and Collaborative Science in Development Network (OCSDNet) foi composta por doze equipes de pesquisadores e profissionais interessadas em entender o papel da ciência abertura e colaborativa como uma ferramenta transformadora para o pensamento e a prática do desenvolvimento. As equipes de pesquisa foram apoiadas por uma equipe de quatro assessores externos e uma equipe de coordenação de rede.O projeto foi financiado pelo Centro Internacional de Pesquisa para o Desenvolvimento (IDRC) do Canadá e pelo Departamento de Desenvolvimento Internacional (DFID) no Reino Unido. O CRIA participou utilizando o Herbário Virtual do Brasil como um estudo de caso para uma infraestrutura eletrônica científica aberta e colaborativa.
Dois projetos do OCSDNet foram selecionados, entre eles o Herbário Virtual do Brasil, para participar de um subprojeto para discutir uma política para dados de pesquisa e implementar diretrizes para agências de fomento, com o objetivo de aumentar o acesso a dados para desenvolvimento.
Biota/Fapesp - O Instituto Virtual da Biodiversidade: website do programa com informações sobre a concepção e estratégia do programa, a avalição do Scientific Advisory Committee, informações sobre os projetos concluídos e em andamento e instruções de como submeter uma proposta à Fapesp.
SinBiota é um Sistema de Informação Ambiental para o Estado de São Paulo desenvolvido para armazenar dados de coletas e inventários realizados pelos projetos vinculados ao Programa Biota/Fapesp.
A revista Biota Neotropica, editada pelo Programa Biota/Fapesp - O Instituto Virtual da Biodiversidade, publica resultados de pesquisa original, vinculadas ou não ao programa, que tratam da temática conservação e uso sustentável da biodiversidade na região Neotropical.
EUBrazilOpenBio teve por objetivo combinar a Ciência da Biodiversidade e o Movimento de Acesso Livre, promovendo o conceito de abertura para pesquisa científica.
BioVel é um laboratório virtual que dá suporte a pesquisas em biodiversidade que utilizam grandes quantidades de dados vindas de diferentes disciplinas do conhecimento. BioVel oferece a possibilidade do uso de workflows (séries de passos da análise dos dados) para processar dados, sejam de fontes próprias ou externas. O CRIA participou no desenvolvimento e testes do workflow utilizando o OpenModeller.
iMarine é uma iniciativa collaborativa que disponibilizar uma e-infraestrutura de dados para o gerenciamento de pesca e conservação de recursos marinhos. O CRIA participou da etapa de estudos e testes da infraestrutura.
O nodo OBIS in Brazil: Tropical and Subtropical Western South Atlantic (WSAOBIS) é um dos 3 nodos (na Argentina, no Brasil e no Chile) do antigo nodo regional da América do Sul (OBIS SA). O projeto contou com o apoio inicial da Fundação Alfred P. Sloan através da Rutgers (State University of New Jersey). A iniciativa no Brasil é da USP em convênio com a PETROBRAS. O objetivo desse nodo é consolidar a contribuição regional no Portal OBIS e que é uma das iniciativas do Census of Marine Life (CoML)
O banco de dados Neofrug reúne informações sobre as interações entre animais frugívoros e plantas da região Neotropical. O sistema é fruto da parceria do Laboratório de Interações Vertebrados-Plantas da Unicamp e o CRIA.
O banco de dados de Fenologia reúne informações sobre as fenofases de espécies da Estação Experimental de Silvicultura Tropical e da Reserva Ducke. Trata-se de uma parceria entre o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq, a Universidade Estadual Paulista - UNESP, o Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia - INPA e o Centro de Referência em Informação Ambiental - CRIA
Hydro foi um projeto desenvolvido em parceria com a CETESB e CENA/USP. Teve por objetivo disponibilizar uma base de dados georreferenciada sobre a qualidade da água dos recursos hídricos da bacia do rio Piracicaba. Foi estruturado um sistema piloto de informação capaz de subsidiar os trabalhos de gestão de recursos hídricos na bacia, com o objetivo de contribuir para um melhor entendimento sobre o funcionamento dos ecossistemas da bacia, bem como para a construção de um novo paradigma sobre gerenciamento dos recursos hídricos. A fase piloto foi concluída, o conceito técnico foi comprovado, mas não houve interesse por parte das agências financiadoras de criar mecanismos de atualização permanente do protótipo.
O Projeto I3N teve por objetivo desenvolver um sistema piloto de uma rede de informação distribuída e interoperável sobre espécies invasoras nas Américas. O IABIN invasives Information Network (I3N) está sendo mantido pelo nó dos Estados Unidos da rede IABIN.
O sistema Flora brasiliensis revisitada teve como objetivo desenvolver um checklist de plantas superiores com os nomes dos táxons atualmente aceitos, complementado com outras informações taxonômicas e imagens através de um processo colaborativo. O sistema seria integrado ao sistema Flora brasiliensis on-line e dessa forma teria também a função de atualizar os nomes citados na obra.
A Lista de Espécies da Flora do Brasil foi um projeto coordenado pelo Jardim Botânico do Rio de Janeiro em parceria com o CRIA, responsável pelo desenvolvimento do sistema de informação. Todo o processo de validação e inclusão de novos dados era feito online por uma rede de mais de 400 taxonomistas do país e do exterior. A versão de acesso público foi concluída em maio de 2010. O sistema foi transferido para o Jardim Botânico do Rio de Janeiro no início de 2013.
O projeto BioGeomancer foi uma colaboração mundial de especialistas em história natural e dados geoespaciais. O objetivo primário foi maximizar a qualidade e quantidade de dados sobre biodiversidade que podem ser mapeados para subsidiar ações de pesquisa, planejamento, conservação e gestão. O projeto promoveu a discussão, trabalhou com dados espaciais e padrões e desenvolveu ferramentas para alcançar o objetivo proposto.
DataTester é um software de código aberto desenvolvido para assistir em algumas tarefas para checar possíveis erros em dados de coleções biológicas. Foi desenvolvido pelo CRIA com apoio do GBIF e da Fundação Gordon and Betty Moore.
DesktopGarp é um projeto desenvolvido em cooperação com o Biodiversity Research Center da Universidade do Kansas, nos Estados Unidos. É um pacote de software voltado para a pesquisa em biodiversidade e ecologia que permite ao usuário fazer previsões, modelar e analisar a distribuição geográfica de espécies selvagens.
Incofish foi um projeto financiado pela Comissão Européia coordenado pelo Leibniz Institut für Meereswissenschaften, Kiel, Alemanha. O projeto envolveu 35 instituições de 22 países (12 européias, 12 latino americanas, 6 asiáticas e 5 africanas). O papel do CRIA foi o desenvolvimento de ferramentas de mapeamento.
Integrated Taxonomic Information System teve como meta criar uma base de dados de fácil acesso com informação confiável sobre nomes de espécies e sua classificação hierárquica. Foi uma parceria entre agências dos Estados Unidos, Canadá e México, outras organizações (entre elas o CRIA) e especialistas em taxonomia. ITIS também é um parceiro do Species 2000 e do Global Biodiversity Information Facility (GBIF).
A World Community Grid usa a tecnologia de grid computacional para formar uma infraestrutura permanente e flexível que fornece a pesquisadores uma grande estrutura computacional que pode ser usada para resolver problemas que afligem a humanidade. A tecnologia de grid agrega um grande número de computadores, criando um sistema com grande poder de processamento que supera o poder computacional de alguns supercomputadores juntos.
O projeto Diretrizes e Estratégias para a Modernização de Coleções Biológicas Brasileiras e a Consolidação de Sistemas Integrados de Informação sobre Biodiversidade produziu uma série de documentos de apoio para o estabelecimento de uma estratégia para o país. O projeto tem o apoio do Ministério da Ciência e Tecnologia e do Centro de Gestão e Estudos Estratégicos.
Para o projeto Amazon Basin Biodiversity Information Facility - ABBIF, o Global Biodiversity Information Facility (GBIF) e CRIA (Centro de Referência em Informação Ambiental) realizaram um estudo de viabilidade para identificar potenciais provedores de dados ou mantenedores de sistemas de informação, estudaram diferentes arquiteturas e avaliaram a infra-estrutura existente e necessária para propor um sistema de informação distribuído e coordenado para a região Amazônica associada a um ambiente de modelagem, propiciando uma participação ampla e inclusiva de organizações locais. O objetivo era aumentar o valor, visibilidade e uso de dados sobre a bacia amazônica através de uma rede dinâmica, dessa forma contribuindo para melhores práticas de conservação e uso sustentável dos recursos naturais da região. A meta era aumentar o valor, visibilidade e uso dos dados da bacia Amazônica através de uma interação dinâmica e dessa forma contribuir para melhores práticas de conservação e uso sustentável dos recursos naturais da região. Esse estudo contou com o financiamento da Fundação Gordon e Betty Moore.